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万能のように思えるFlashですが、欠点もあります。以下の点にはご注意ください。

ハードによって違いがある

まず、パソコン・Wiiと携帯電話とで大きな違いがあります。
携帯電話でも動くようにするにはFlash Liteという、携帯電話向けの規格（単純に言うと機能がパソコン向けより少ない）に基づいて作る必要があります。
また、パソコン、携帯電話それぞれの機種によっても違いがあります。
パソコンでは性能が違ったりすると動きが速くなったりします。
携帯電話の場合、機種ごとに処理能力やプレイヤーなどが異なっており、違いを吸収できるように作る必要があります。
たとえば、NTTドコモのN906iではゲームの最大容量が100KBなのに対し、ソフトバンクの922SHでは150KBとなっています。両方で動くようにするには容量を100KB以内にする必要があります。
こういった点を念頭に入れてつくる必要があります。

他の方式より出来ることが限られている

Flash以外の方式（例えばJavaなど）で作るゲームに比べると出来ることの限度が大きいです。例を挙げると、携帯電話向けですとJavaで作るゲームに比べ容量が少なかったりします。